再者，反派的行事动机也前后不一。院长利用修道院掩护贩婴的不法行为，以及诱拐年轻孕妇作为「商品」的邪恶阴谋，其前因后果并不难理解，但为何院方会罔顾胎儿健康，以非法药物与暴力手段虐待孕妇？修女们的疯狂举止或许可视为强迫女孩们「净化」与「赎罪」的宗教狂热行为，但从她们轻易地被玛莉收买倒戈的情况来看，这些人的信仰似乎并非坚如磐石。
事实上，如果院方不采取高压手段，反而不会打草惊蛇，只要对关系如散沙般的女孩们稍加分化，便能有效控制局面，让所有计画水到渠成。从这点可发现，电影的第三个漏洞，在于它无法设计出具说服力的有效管理模式。
描写失了焦
最令人疑惑的是，院长面对一群没有反抗能力，也缺乏反抗意识的孕妇，却诉诸极端的恐怖统治。假如她想要的只有胎儿，为何不以怀柔政策让对方失去戒心，反而以独裁手段激发对方的反抗心？剧本原本似乎想将院长描写成舌灿莲花、专攻心计的阴险操弄者，但此种管理方式反而更突显她的拙劣无能。
另一方面，电影为了误导观众，加进不少画蛇添足的伪灵异元素，例如绑架玛丽的无脸修女、窥视女孩的怪异脸孔，以及夜半的不明声响，但这些桥段就像片中充满沙沙细语，令人烦躁不安的拙劣配乐一样，都是故弄玄虚且可有可无的设计。它们的惊悚效果，反倒没有玛莉一次次地被囚禁且洗脑，直到精神耗弱而臣服的情节来的震撼。
从《摄魂修女院》的时代背景，以及剧本对宗教批判与赎罪情结的著墨，可看出戴伦连恩布斯曼离开《夺魂锯》系列后，亟欲往写实路线靠拢的转型雄心。然而它的故事设定却一直在「以宗教为幌子的不法集团」与「走火入魔的基本教义派」之间摇摆不定。就像在空中打转的客机，始终无法找到合适的降落跑道。在无法面面俱到的情况下，电影企图讨论的各种主题都得不到满意的结论，令人最印象深刻的部分，恐怕还是片尾以暴制暴的复仇行动，以及被玛丽当成武器的脐带吧。